黑木耳的營養價值高於白木耳，其中富含膳食纖維可以幫助腸胃蠕動，能有助於解決便祕症狀，也有助於保護腸胃、美容養顏與強化免疫能力。不過在食用禁忌方面，因為黑木耳具有活血功效，故女性需注意避免在生理期食用。[14]
民間醫藥
黑木耳具有較高的營養價值和一定的藥用價值，《飲膳正要》稱其「利五臟，寬腸胃」。《隨息居飲食譜》載：「補氣耐飢，活血，治跌扑上，凡崩淋血痢痣患腸風，常食可愈。」南宋愛國詩人陸遊注意養生，嗜食薏米和木耳，有詩曰：「唐安薏米白如玉，漢嘉木耳脯美勝肉」，所以「八十身猶健，生涯學灌園」。李時珍《本草綱目》載：「木耳生於朽木之上，無枝葉，乃濕熱餘氣所生。曰耳、曰蛾，象形也；曰柿，以軟濕者佳也。曰雞、曰土從，因味似也。」
黑木耳含有人體必須的8種胺基酸，維生素B2含量是米的10倍，新鮮的黑木耳每100克含鐵98毫克，含量是肉類的100倍以上，鈣質為肉類的30倍。黑木耳含有的豐富膠質，對人體消化系統有良好的清潤、補氣益智、潤肺補腦作用。其清腸、潤肺功效對肺虛咳嗽、久病體虛，肢體麻木具有功效。此外亦具止血作用，主治咯血、吐血、血痢、崩漏、痔瘡出血、便秘帶血等。黑木耳中的多醣成份，具有抗腫瘤活性，對腫瘤有一定預防效果，亦能減少血液凝塊、緩和冠狀動脈粥樣硬化、降低血栓的作用。
藥理學
黑木耳一直是醫藥應用研究的主題。在1980年代的實驗中，小鼠被人工植入180種腫瘤，結論顯示從黑木耳分離的葡聚醣具有強大的抗腫瘤特性，[15]此研究有異於早期的研究。早期的研究結論，雖然表明從其他幾個真菌物種水提取物有抗腫瘤作用，但從黑木耳提取物中卻沒有。[16]此外，利用小鼠作實驗，針對遺傳糖尿病的研究中發現，從黑木耳提取的多醣有降血糖作用。用包括多醣的食物餵養的小鼠，能降低從食物中攝取的血糖、胰島素和尿葡萄糖。[17]
另一種從黑木耳提取的酸性多醣（主要是由甘露糖、葡萄糖、葡萄糖醛酸和木糖組成），具有抗凝血特性。文章的結論是，「從這些蘑菇的多醣構成的化合物，可能成為對抗血凝固、血小板聚集、血栓形成的新來源。」[18]
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